已购公房和商品房在交易方式、价格、相关政策方面都有所不同。已购公房是指城镇职工根据国家和县级以上地方人民政府有关城镇住房制度改革政策规定，按照成本价购买的公有住房，依照地方人民政府规定的住房保障政策购买的经济适用住房。商品房是指在市场经济条件下，具有经营资格的房地产开发公司通过出让方式取得土地使用权后经营的住宅均按市场价出售，商品房可以在市场上自由交易，而且不受政策限制。
已购公房以成本价购得的房屋，虽也可以取得房屋所有权，但它不同于完全意义上的商品房房屋所有权，其房产证上有未缴纳土地出让金等的标注，而以市场价购买的公房，则可以取得商品房房屋所有权证。因此，以成本价和市场价购得的住房，在转让时亦有所不同。以成本价购买的房屋，在再行转让时，出售方应缴纳营业税、城市维护建设税、教育费附加、印花税、土地增殖税和个人所得税等，而对于买受方来说，则需缴纳土地出让金、过户手续费、印花税、契税等。