贷款政策的区别
公寓房按照商用贷款利率，首付5成，贷款年限一般不超过10年，贷款利率是基准率的1.1倍，而且不能使用公积金贷款，也不能因为购买公寓而提取公积金。而商品房首套住房则按照按揭贷款利率，首付三成，可以使用公积金贷款，贷款期长可达30年，不过如果是第二套房，首付则要6成，第三套房则停止贷款。
税费的区别
商品房在营业税、个税、契税等方面政策会有不同程度的减免，最低缴纳2%-3%的税费，而公寓房在目前少有减免政策，而且还增加了土地增值税，通常税费最低达到物业交易总价的10%。
产权年限的区别
因为商品房与公寓房的土地性质不同，产权年限也不一样。公寓房土地出让年限一般为40—50年，但是住户的实际使用期限大多都要比公寓房土地使用证上的时间少得多；商品房使用年限一般为70年。