厄尔尼诺对农业的影响有导致暖冬，南方易出现暴雨洪涝，北方易出现高温干旱，东北易出现冷夏。比起单纯的气温变化，极端天气更容易引发危险。
（1）台风减少。西太平洋热带风暴（台风）的产生次数及在我国沿海登陆次数均较正常年份少。
(2)夏季风较弱，季风雨带偏南，位于中国中部或长江以南地区。北方地区夏季容易出现干旱、高温，南方易发生低温、洪涝。近百年来我国的严重洪水，如1931年、1954年和1998年长江中下游地区的洪水，都发生在厄尔尼诺现象出现的次年。
（3）厄尔尼诺现象发生后的冬季，我国北方地区容易出现暖冬。