在明朝的时候实行了海禁政策，大部分百姓失去了谋生的途径，穷途末路则就开始当了倭寇。那时候很多倭寇的头子就是中国人。
清朝也有海禁政策，但是他把沿海的居民强制性的迁往内陆。在这种情况下，外出的渔船和商船都是禁止的，这种严格的政策之下，百姓也难得和外界的倭寇搭上联系。
第二，日本国内也颁布了锁国令。德川幕府掌权之后，不想倭寇在外面的骚扰给日本带来不必要的麻烦，就把以前流离失所的武士，农民等群体得到了有效的安置。在德川幕府的锁国令当中，日本人禁止到外国。如果有偷渡者就是死罪，这也是倭寇消失的主要原因之一。