1、成立时间不同：军统是1937年底成立，而保密局是1946年6月成立。
2、单位领导不一样：军统主要负责人是戴笠，而保密局主要负责人是毛人凤。
3、全称不一样：军统全称国民政府军事委员会调查统计局，简称军统。而原军统局核心系统改组为以毛人凤为首的国防部保密局，简称保密局。
国务院主管全国保密工作的职能部门。1988年4月国务院机构改革，国务院设立国家保密局，为国务院部委归口管理的国家局，是主管全国保密工作的职能部门。其主要任务是，加强保密工作方针、政策和理论的研究。不断完善各项保密法规，逐步建立起完备的保密法规体系；抓好全国保密工作的宏观管理、指导、检查、组织、协调等工作，维护国家的安全和利益，保障改革开放和社会主义建设事业的顺利进行。