已切过的洋葱，必须放入密封保鲜袋中保存，隔绝空气接触，避免水份散失。切开的洋葱的味道会比其他食材的味道浓郁一点，直接将其置于冰箱中冷藏保存的话，会造成冰箱中的味道比较重，所以切开的洋葱在温度适宜的情况下，可以将直接将洋葱置于保鲜袋中，放在阴凉透风处保存。
切开的洋葱可以用保鲜膜置包好后置于冰箱中保存，或者是在切口处撒上一定量的食用盐后，用保鲜膜包好放入冰箱中冷藏或是冷冻保存，这样也是能将洋葱中含有的营养价值保存的比较完全的，保存的时间大概在一周左右。
洋葱经过长时间贮存后通常会遭到微生物的入侵，其中出现频率最高的是青霉，经过新陈代谢后它会产生展青霉素，这种物质会造成人体的胃肠道功能紊乱、肾脏水肿等病症，所以洋葱出现腐烂现象的时候，最好就不要吃了，即便是没有腐烂的部分也不要留下。