清华中学有高中，深圳清华中学是包含小学到高中的学校。深圳清华实验学校是清华大学在异地兴办的唯一一所基础教育学校。学校坐落在宝安区桃源居，依山傍海，钟灵毓秀。秉承水木清华的文化底蕴，坚持自强不息、厚德载物、行胜于言的清华校训和校风，是清华大学的艺术教育基地、科技教育基地、美术学院生源基地、体育特长生培养基地。
深圳清华实验学校于2002年春季开始投入建设，2002年9月1日正式开学。学校为国有民办体制，实行走读、寄宿双制管理的十二年一贯制实验学校。学校占地20余万平方米，建筑面积12万平方米，可容纳7000名学生和700多名教职工。实行理事会领导下的校长负责制，校长由清华大学调派。