共有大小岛屿7000多个，其中吕宋岛、棉兰老岛、萨马岛等11个主要岛屿占菲律宾总面积的96%。海岸线长约18533公里。其中只有约2,000个岛屿有人居住。人口主要聚集在吕宋岛，米沙鄢群岛和棉兰老岛三大岛屿群中。在这些岛屿中现在仍然有5,000多个岛屿尚未命名。
岛上山峦重叠，三分之二以上岛屿是丘陵、山地及高原。多火山，全国有52座火山，其中活火山11座；地震频繁。除吕宋岛中西部和东南部外，平原均狭小。海岸线曲折，长约18,533公里，多优良港湾。属季风型热带雨林气候，高温多雨，湿度大，米沙鄙群岛以北多台风。
菲律宾群岛北隔巴士海峡与中国台湾相望，西临南海，东滨太平洋，南与印尼和马来西亚的沙巴州隔海相望，东北隔菲律宾海与马里亚纳群岛相望。这里雨水丰沛，花草、果木繁盛。出产的香蕉、凤梨、芒果在国际市场上很有名。因此，菲律宾群岛享有“太平洋果盘”、“花园岛”之美誉。