免疫系统有防御、稳定和监控三大功能：
1、防御功能：保护机体抵御病原体及其毒性产物侵犯，帮助机体消灭外来的细菌、病毒，使人免患感染性疾病，当该功能过于亢进会发生超敏反应，当该功能过于低下会发生免疫缺陷病；
2、稳定功能：人体组织细胞时刻不停地新陈代谢，随时有大量新生细胞代替衰老和受损伤的细胞。免疫系统能及时地把衰老和死亡的细胞识别出来，并把它从体内清除出去，从而保持人体的稳定，该功能异常时会发生自身免疫病；
3、监控功能：免疫系统具有及时识别、杀伤并及时清除染色体畸变或基因突变的细胞，防止肿瘤和癌变的发生的功能，当该功能发生异常时，持续感染将不能得到及时清除，细胞癌变将不能得到及时遏制。