（一）运用网络查询。目前，全国所有国税、地税机关均在网上开通了查询发票的功能，可以在各级税务机关网站上找到查询发票的入口，根据发票的类型输入相应的发票代码、发票号码以及验证码等相关信息后查询发票真伪。但是这一方法对“克隆”发票不起作用。
（二）运用电话查询。与网络查询功能相比，电话查询更为全面，可以通过拨打当地12366纳税服务热线，向其提供自己所接受发票的开票单位名称、纳税人识别号、发票代码、发票号码、开票日期、金额（税额），即可向税务机关咨询发票真伪。
（三）直接到税务机关查询。前两种方法不能有效确定虚假发票的情况下，可以持发票原件或发票复印件直接到管辖本企业的税务部门求助，确认发票真伪。