秦朝末年秦始皇的儿子胡亥和扶苏的部分子孙迁居到朝鲜，后来他们再由朝鲜迁到日本，此时他们已改姓“秦”。到日本的初期他们中有人掌管日本朝廷的出纳工作并且为天皇养蚕织绢，天皇赐姓、叫其中一部分人改姓“太秦公”。雄略天皇执政时期，姓秦的秦始皇的后代在当时日本京城的人口中占了92部，总共18670人，到日本钦明元年时在京都繁衍到了7053户、35000人左右。现在日本京都附近的太秦就是日本秦氏的初居地。
到九世纪时，日本秦氏已分支成太秦公、秦、秦冠、河内秦、山城秦等15个姓氏，到现在，日本秦氏已分化出总共44个姓。明治维新时日本政府要求所有的日本人都必须有姓，并且强迫部分秦始皇的后代改姓羽田、波多等姓。