首先，金鸡奖和百花奖的主办方不同。中国电影金鸡奖是由中国电影家协会和中国文学艺术界联合会联合主办的电影奖项。而百花奖由中国电影家协会和中国文联联合主办，由周恩来总理发起的电影大奖。
其次，他们的地位也不同。中国电影金鸡奖是中国大陆电影界权威、专业的电影奖。与香港电影金像奖、台湾电影金马奖并称华语三大电影奖。百花奖是代表观众对电影的看法和评价，并由观众投票产生奖项，因此又被称为“观众奖”。
百花奖之所以用“百花”命名是为了体现“百花齐放、百家争鸣”的文艺方针，奖杯为铜质镀金花神。百花奖也是中国历史最为悠久和最有群众基础的电影大奖。