只是非法拘禁三个小时不能立案。
国家机关工作人员涉嫌利用职权非法拘禁，具有下列情形之一的，应予立案：
1、非法拘禁持续时间超过二十四小时的；
2、三次以上非法拘禁他人，或者一次非法拘禁三人以上的；
3、非法拘禁他人，并实施捆绑、殴打、侮辱等行为的；
4、非法拘禁，致人伤残、死亡、精神失常的；
5、为索取债务非法扣押、拘禁他人，具有上述情形之一的；
6、司法工作人员对明知是无辜的人而非法拘禁的。
在对国家机关工作人员实施的非法拘禁行为是否构罪上，有一个“度”的规定，只有超过了这个度，才追究其刑事责任。国家机关工作人员因为其身份的特殊性，法律对其的要求比一般群众要严。
【法律依据】
根据《中华人民共和国刑法》第二百三十八条规定，非法拘禁罪是指以拘押、禁闭或者其他强制方法，非法剥夺他人人身自由的犯罪行为。