清华大学药学系成立于2012年11月，现有PI的科研方向涉及到药物化学、肿瘤药理学、离子通道与痛觉药理学、毒理学，药物制剂及药物递送，等药物研发中的关键领域。
药学系近两年来引进了一批在国际著名科研机构和制药企业工作过，卓有成果的青年学者，新引进PI中有7人入选中组部青年千人计划。
药学系发展的长远目标是为新药研发培养人才医，并且在清华建设一个世界一流的药学研究中心。为此，药学系的科研工作和研究生培养将根据新药研发多学科合作的特点，充分利用清华大学化学系、生命学院、工程学科等系科的师资力量及科研资源，力争将药学研究生培养为视野广阔，知识渊博，适应未来我国新药创制工作的综合人才。