代垫运费计入应收账款科目。
代垫运费会计分录：
借：应收账款
贷：银行存款
收回代垫运费的会计分录
借：银行存款
贷：应收账款
支付运费对应进项税额能否抵扣的处理：
销售货物时，支付运费：如果销售的货物是免税增值税项目、简易计税方法计税等不能产生销项税额的，则支付的运费即使取得增值税专用发票，也不能抵扣进项税额。
购买货物时，支付运费：如果外购货物是用于免征增值税项目、集体福利或个人消费等不能产生销项税额的，则支付的运费即使取得增值税专用发票，也不能抵扣进项税额。
如果外购货物用于了增值税应税项目，取得普通发票，但是支付的运费取得增值税专用发票的，则可以凭票抵扣运费的进项税额；如果未取得增值税专用发票的，则不得抵扣运费的进项税额。