据《史记·孔子世家》记载，孔子的祖先是殷商王室后裔。
周灭商后，周成王封商纣王的庶兄、商朝忠正的名臣微子启于宋， 建都商丘即今河南商丘一带。
微子启死后，其弟微仲即位，微仲即为孔子的嫡系先祖。孔子的六代祖叫孔父嘉，是宋国的一位大夫，做过大司马，在宫廷内乱中被杀，自孔父嘉之后，其后代子孙开始以孔为姓，其曾祖父孔防叔为了逃避宋国内乱，从宋国逃到了鲁国。从此孔氏在陬邑即今山东省曲阜市定居，变成了鲁国人。
孔子的父亲为叔梁纥，母亲是颜徵在。叔梁纥是当时鲁国有名的武士，人品出众，建立过两次战功，因曾单臂托住悬门让冲进城池的部队撤出而闻名，曾任陬邑大夫。叔梁纥先娶妻施氏，生九女，无子，又娶妾，生一子，取名伯尼，即孟皮，孟皮脚有毛病，依当时礼仪不宜继嗣，于是又与年轻女子颜徵在野合而生孔子。
公元前551年即鲁襄公二十二年，孔子生于鲁国陬邑昌平乡即今山东曲阜城东南。