一、科技宏观管理的顶层机构权威性：科技涉及到各行各业，显然不是一个部门机构能统一管理的。部委管理机构职能设置重叠，科技部、发改委、财政部、工信部、教育部等多个政府部门参与管理，各部门的政策目标不一致，政策难以相容协调，甚至部门规章与法律条款相左。缺乏科技资源投入的顶层设计和宏观协调管理。
二、计划经济时代的科技管理和运行体制：中科院、国防科工委、农业部、卫计委等部委都有自己部门的科研体系，大量的科学事业费用于养人养机构，没有真正用于科研投入。
三、企业科技研发投入：研发投入以国家为主违背市场经济规律。科研与经济脱节，大学、研究机构和企业之间的联系匮乏，知识生产者和潜在使用者之间“人为”隔离，彼此之间仅有有限的沟通和协同。