可以视“博物院”为“博物馆”的一个别称。只是不同的称呼，没区别，与行政级别和规模无关；不过一般会成为院，通常拥有一定规模的研究机构。
但是“博物院”和“博物馆”这两个中文词，作为词语，是有区别的：
1、形式上，“馆”和“院”字的写法不同（符号不同）；
2、历史原因和使用习惯（作为对“Museum”的解释和翻译，“博物院”这个词可能出现和使用的更早；早期使用这两个词的时候和建筑结构及场馆设置有关：但是我目前没有证据证明这两点）；
3、时间。同一博物馆在不同时间采用不同的名字（如“河南省博物馆”98年改叫“河南博物院”，所以“河南省博物馆”和“河南博物院”能够[不是一定]指涉同一事物的不同时间段的状态）。