1、蒸大豆：大豆充分洗净后，加入三倍量的水浸泡一夜后，倒掉水放进高压锅内蒸大约45分钟，到大豆用手捏碎的程度；
2、接种纳豆菌：用50毫升热水溶解纳豆菌后，均匀地加入到热大豆中，迅速搅拌均匀，分装在7个泡沫饭盒里，厚度大约2厘米，上面苫上纱布或在饭盒与饭盒盖之间架上一双筷子，使其充分接触空气，发酵好以后，要盖好盖，用胶带封住口；
3、发酵：在恒温下发酵14到15小时 在干净的大泡沫箱内放入几瓶装满50℃热水的长方形塑料瓶子，把已接种上纳豆菌的泡沫饭盒摆在瓶子上。箱内理想温度是42℃，发酵至大豆表面产生了白膜，有粘丝出现后，发酵完成；
4、后熟：纳豆做好后，先放入冰箱内低温熟成数小时以后再食用，可以提升口感和外观；
5、保存：粉末纳豆菌因处于孢子状态特别稳定，只要放在阴凉干燥处就能长期保存，但开封后一定要放在冰箱内低温保存。