1、音质不同：flac不会破坏任何原有的音频信息，可以还原音乐光盘音质。mp3旨在大大减少音频数据量，利用mpeg音频第三层技术，将音乐压缩成1：10甚至1：12的小文件。
2、音频不同：flac音频以FLAC编码压缩后不会丢失任何信息，将FLAC文件还原为WAV文件后，与压缩前的WAV文件内容相同。mp3利用人耳对高频声音信号不敏感的特性，将时域波形信号转换成频域信号，并划分成多个频段，对不同的频段使用不同的压缩率，对高频加大压缩比对低频信号使用小压缩比，保证信号不失真。
3、压缩比不同：flac是一种专为pcm音频特性而设计的压缩模式，可以使用播放器直接播放FLAC压缩的文件。mp3其优点是压缩后占用空间小，适用于移动设备的存储和使用。