清朝的准格尔是现在的准格尔旗。地处内蒙古西南部、鄂尔多斯市东部。旗境东、北两面被黄河环绕，与山西省、呼和浩特市、包头市隔河相望。准噶尔是厄拉特蒙古的一支部落。在清代，尤其是17世纪到18世纪，准噶尔部控制天山南北，在西起巴尔喀什湖。北越阿尔泰山，东到吐鲁番，西南至吹河、塔拉斯河的广大地区，建立史上最后的游牧帝国。另有准噶尔盆地。顺治年间，清朝皇帝为加强对鄂尔多斯部落的控驭，将长城以北50里宽，东西约2000里长的地带划为禁地，俗称“黑界地”。
宣统三年（公元1911年），爱新觉罗溥仪退位后，袁世凯任中华民国临时大总统，并宣布清廷对待蒙古实行的种种政策继续生效，所以伊盟的盟旗制度仍继续执行，七旗行政区划没有明显变动。民国元年（1912年），民国北京政府成立，仍袭清制。抗战时期，马占山接受国民政府警卫伊盟，兼守河防的命令，率部开进了准格尔旗布军抗战，一直坚持到日本投降后，才率军撤走。1948年4月，准格尔旗解放，成立准格尔旗临时政务委员会，政府驻地设于沙圪堵。1950年4月，准格尔旗末代扎萨克奇福海回沙圪堵交印，旗政最终统一于人民政府。1955年9月旗人民政府改称旗人民委员会。1968年4月，又改称革命委员会。1981年1月复改称人民政府迄今。1999年8月旗人民政府驻地从沙圪堵迁址薛家湾。