乙醇分子同时具备亲水的羟基和疏水的烃基。乙醇分子的烃基可与蛋白质内部的疏水基团结合，让蜷曲旋转的蛋白质长链松弛、施展，导致蛋白质的变性。而酒精可以通过单纯扩散的形式通过细菌的细胞壁和细胞膜进入到细胞内部，导致细菌内部蛋白变性，从而起到杀菌的作用。细菌外层的细胞壁主要成分是肽聚糖组成，还有一层外膜主要成分为脂蛋白、脂质双层和脂多糖。百分之七十五浓度的酒精可以透过这些阻挡直达细菌内部。但纯酒精还有另一个作用，脱水。使用纯酒精会造成细菌的细胞壁、外模脱水固化形成一层致密的保护膜，使得乙醇分子难以进入细菌内部。而浓度不够起不到杀灭细菌的作用。
主要原因是上皮细胞并不是直接暴露在体表的，外面还覆盖有角质和死细胞。皮肤由表及里有以下五层构成，角化层透明层颗粒层棘层基底层。活细胞最多可摘颗粒层观察到，角化层和透明层是没有活细胞的。角化层细胞内部充满角化蛋白，而且细胞间由致密的细胞桥粒链接，像盾牌一样，阻挡酒精的侵入，口腔部分上皮没有角化层但存在透明层，所以也不很怕。